目前，对树化石的形成初始原因有很大分歧。
一 、是说树化石是因为火山喷发后，炙热岩浆将树木瞬时吞没，在没有氧气的情况下，木质纤维并没有在岩浆里被燃烧碳化，而是比较完整地保存了下来。后又因为地质变化，发生了地壳塌陷或者抬升，将包裹着树木的岩浆岩深埋地下，被地下的高浓度二氧化硅水溶液浸泡，水中的二氧化硅跟木质纤维发生置换反应，使松软的木质纤维逐渐变成坚硬的二氧化硅石质，再后来木化石在长期高压低温的环境下，逐渐玉化，形成了现在的隐质晶体或者蛋白质晶体。
二、是说现在的木化石是因为地球上的冰川移动，大面积的冰川裹挟泥沙，将树木掩埋，也是在低温高压的情况下，木质纤维与水溶液中的二氧化硅发生置换反应，形成的化石。后面的过程跟第一个说法一致，只是前面的成因不一样，一个说是火山造成的，一个说是冰川移动造成的。
本人的树化石藏品比较多，大的有一块石头达两三吨重，小的几十厘米。很多树化石都是鄙人自己去现场挖回来的。我发现的树化石原始保存现场有两种，其中，最多见的一种就是在青灰色的火山沉积岩中发现的树化石。这种树化石完全被火山沉积岩包裹着，取出来的时候非常困难，这种树化石外观保存非常完好，特别是树皮保存完好，但是由于取得非常困难，很难保证整棵树的完整性。有些树化石在挖取过程中发现有烧黑并且碳化的情况，说明在被火山吞没时还是多少有些氧气在其中的
上面的这两块都是在火山沉积岩中发现的树化石，可以明显看到树皮完整，树木纹路完整保存下来的。材质属于隐质晶体和蛋白质晶体，玉化的非常好。
另一种情况是在古河床泥沙沉降带里发现的树化石，这种沉降带中含有大量的红色或者白色的火山灰。这种情况下的树化石保存不如上一种，树皮基本上没有了，化石本质也比较疏松，而且这种树化石玉化的也不好，石性很强。
这种是在古河道沉降带中发现的树化石。树皮基本上没有了，材质石性比较强，基本上没有玉化。